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Verbindung von RSpace mit institutionellen Dateispeichern

Für die Integration des Dateispeichers muss die Bereitstellungseigenschaft netfilestores.enabled auf true gesetzt sein. Wenden Sie sich an Ihren Systemadministrator oder den RSpace-Support, falls die…

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Für die Integration des Dateispeichers muss die Bereitstellungseigenschaft netfilestores.enabled auf true gesetzt sein. Wenden Sie sich an Ihren Systemadministrator oder den RSpace-Support, falls diese Option in Ihrer Instanz nicht verfügbar ist.

Überblick

Forschende verfügen oft über große Datensätze auf institutionellen Servern – Gigabytes an Mikroskopiebildern, Sequenzierungsergebnissen oder Simulationsergebnissen –, die sich nicht direkt in RSpace hochladen lassen. Anstatt Dateien zu kopieren, kann RSpace eine Verbindung zum bestehenden Dateispeicher Ihrer Institution herstellen und auf die Dateien dort verweisen, wo sie sich bereits befinden. So bleiben Ihre Laboraufzeichnungen und die Herkunft Ihrer Daten erhalten, ohne dass Daten dupliziert werden.

Dieser Leitfaden behandelt:

  • Wann verlinken statt hochladen?
  • Einrichten einer Dateispeicherverbindung (IT-Administratoren)
  • Verbindung zu einem Dateispeicher herstellen und Dateien verknüpfen (Forscher)
  • Einbeziehen verknüpfter Dateien in Exporte
  • Was kommt als Nächstes?

Wann verlinken statt hochladen?

  • Kleine Dateien (Dokumente, Bilder, PDFs unter ca. 250 MB), die Sie in RSpace speichern möchten → In die RSpace Galerie hochladen
  • Große Datensätze, die sich bereits auf einem institutionellen Server befinden (z. B. Sequenzierungsdaten, Bildgebungsergebnisse), werden über einen Dateispeicher verknüpft.
  • Dateien werden zentral von der IT-Abteilung verwaltet und verfügen über eigene Backups und Zugriffskontrollen → Verknüpfung über Dateispeicher
  • Dateien, die Sie in ein portables RSpace Exportarchiv aufnehmen möchten → Beides ist möglich, da verknüpfte Dateien in Exporte gebündelt werden können.

Durch die Verknüpfung bleiben Ihre Daten an einem zentralen Ort. Ihre RSpace Dokumente bilden den Forschungskontext – die Notizen, Protokolle und Metadaten –, während die Dateien selbst auf der Infrastruktur verbleiben, die Ihre Institution bereits verwaltet.

Für IT-Administratoren: Einrichten eines Dateisystems

Bevor sich Forscher verbinden können, muss ein Systemadministrator mindestens ein Dateisystem in RSpace konfigurieren.

Schritt 1: support aktivieren

Fügen Sie in Ihrer RSpace-Bereitstellungsdatei die folgende Zeile hinzu: netfilestores.enabled=true . Starten Sie RSpace neu, damit die Änderung wirksam wird.

Schritt 2: Dateisystem hinzufügen

  1. Melden Sie sich mit einem Systemadministratorkonto an und navigieren Sie zu System → Konfiguration → Institutionelle Dateisysteme
  2. Klicken Sie auf „Neues Dateisystem hinzufügen“.
  3. Wählen Sie einen Clienttyp aus – RSpace unterstützt:
    1. SMB (Samba v1 oder v2/3): Windows-Netzlaufwerke, NAS-Geräte, institutionelle Netzwerkfreigaben
    2. SFTP: Linux/Unix-Dateiserver mit SSH-Zugriff
    3. iRODS: Institutionelle iRODS-Implementierungen (z. B. Yoda, SURF iRODS)
    4. S3: AWS S3 oder S3-kompatible Objektspeicher (z. B. MinIO, LRZ Data Science Storage)
  4. Geben Sie den Namen, die URL und die Authentifizierungseinstellungen für das von Ihnen gewählte Protokoll ein (siehe protokollspezifische Hinweise unten).
  5. Status auf „Aktiviert“ setzen
  6. Klicken Sie auf Speichern
SMB (Samba)-Konfiguration

RSpace support sowohl SMBv1 (JCIFS) als auch SMBv2/3. Verwenden Sie SMBv2/3, wenn Ihr Speicherserver dies support .

  • URL: der Hostname des Servers, z. B. smb://fileserver.university.ac.uk
  • Domäne: Die Samba-Domäne, zu der die Benutzer gehören
  • Freigabename (nur SMBv2/3): Das erste Pfadelement nach dem Hostnamen. Beispiel: Befindet sich Ihre Freigabe unter smb://fileserver.university.ac.uk/research-data , geben Sie fileserver.university.ac.uk als URL und research-data als Freigabenamen ein.
  • Authentifizierung: Benutzername/Passwort (Benutzer werden bei der ersten Verbindung pro Sitzung dazu aufgefordert)
SFTP-Konfiguration
  • URL: die SFTP-Serveradresse
  • Fingerabdruck des öffentlichen Serverschlüssels: erforderlich für eine sichere Verbindung. Führen Sie auf dem RSpace-Server folgenden Befehl aus: ssh -oHostKeyAlgorithms='ssh-rsa' username@yoursftp.server.org Überprüfen Sie anschließend die Datei .ssh/known_hosts auf den neuen Eintrag. Kopieren Sie den gesamten Inhalt nach ssh-rsa (die lange Base64-Zeichenkette) und fügen Sie ihn in RSpace ein.
  • Stellen Sie sicher, dass der SFTP-Server die Challenge-Response-Authentifizierung zulässt ( ChallengeResponseAuthentication ist in /etc/ssh/sshd_config yes ).
iRODS-Konfiguration

Wählen Sie iRODS als Clienttyp aus und geben Sie die Verbindungsdetails für Ihre iRODS (ICAT)-Instanz ein. Eine vollständige Feldreferenz finden Sie unter „Konfigurieren institutioneller Dateisysteme (SMB/SFTP/iRODS/S3)“ .

Einer der Hauptvorteile von iRODS gegenüber einer einfachen Dateifreigabe besteht darin, dass RSpace Dateien anhand ihrer eindeutigen DATA_ID und nicht anhand ihres Dateipfads abruft. Dadurch bleiben Verknüpfungen in Dokumenten erhalten, selbst wenn Dateien auf dem Server neu organisiert werden – ein häufiges Problem bei SMB- oder SFTP-Speichern.
S3-Konfiguration ( RSpace 2.22 / 1.122 und höher)

S3 verwendet eine serverweite Authentifizierung – die Anmeldeinformationen werden einmalig auf Serverebene festgelegt, und alle RSpace Benutzer können dann auf den konfigurierten Bucket zugreifen.

Fügen Sie Folgendes zu Ihren Bereitstellungseigenschaften hinzu: netfilestores.s3.global.credentials.accessKey=<IAM access key> netfilestores.s3.global.credentials.secretKey=<IAM secret key>

In der Dateisystemkonfiguration:

  • Für AWS S3: Wählen Sie AWS aus – keine URL erforderlich
  • Für andere S3-kompatible Anbieter (z. B. MinIO, Ceph, LRZ): Geben Sie die Endpunkt-URL an und aktivieren Sie den URL-Zugriff im Pfadstil, falls dies von Ihrem Anbieter gefordert wird.
Aktuell kann pro RSpace Instanz nur ein Satz globaler S3-Zugangsdaten konfiguriert werden.

Für Forscher: Verbindung und Nutzung eines Dateispeichers

Sobald Ihr IT-Administrator ein Dateisystem eingerichtet hat, können Sie einen persönlichen Dateispeicher erstellen – ein gespeichertes Lesezeichen zu einem Ordner in diesem Dateisystem – und damit beginnen, Dateien in Ihre Dokumente einzubinden.

Schritt 1: Erstellen Sie einen Dateispeicher

  1. Gehen Sie zur Galerie und wählen Sie in der Seitenleiste „Dateispeicher“ aus (falls diese Option nicht angezeigt wird, wenden Sie sich an Ihren Systemadministrator – das Dateisystem ist möglicherweise noch nicht aktiviert).
  2. Klicken Sie auf Erstellen → Dateispeicher hinzufügen
  3. Wählen Sie ein Dateisystem aus der von Ihrem Administrator konfigurierten Liste aus.
  4. Geben Sie Ihre Zugangsdaten ein, falls Sie dazu aufgefordert werden (Benutzername/Passwort für SMB, SFTP oder iRODS; S3 verwendet serverweiten Zugriff und erfordert keine Anmeldung).
  5. Durchsuchen Sie die Ordnerstruktur und wählen Sie einen Ordner der obersten Ebene als Stammverzeichnis Ihres Dateispeichers aus.
  6. Geben Sie Ihrem Dateispeicher einen Namen und klicken Sie auf Dateispeicher hinzufügen.

Sie können mehrere Dateispeicher aus demselben Dateisystem erstellen – zum Beispiel einen, der auf Ihren Rohdatenordner verweist, und einen weiteren, der auf Ihren Analyseausgabeordner verweist.

Schritt 2: Eine Datei in ein Dokument einbinden

  1. Ein Dokument zum Bearbeiten öffnen
  2. Klicken Sie auf Einfügen → Aus RSpace -Galerie
  3. Wählen Sie in der Seitenleiste „Dateispeicher“ und anschließend Ihren Dateispeicher aus.
  4. Navigieren Sie zu den Dateien, auf die Sie verweisen möchten, und klicken Sie auf Einfügen.

In Ihrem Dokument wird ein Link zur Datei angezeigt. Durch Klicken auf den Link können Sie die Metadaten der Datei anzeigen und die Datei direkt über RSpace herunterladen. iRODS-Links sind mit einem iR-Symbol gekennzeichnet; andere Dateispeicher-Links zeigen den Dateinamen an.

Schritt 3: Verknüpfte Dateien in Exporte einbeziehen

Beim Export eines Dokuments oder Ordners kann RSpace die verknüpften externen Dateien in das Exportarchiv einbinden – nützlich, um einen kompletten Datensatz mit einem Kollegen zu teilen oder ihn in einem Repository zu hinterlegen.

Im Exportdialog finden Sie nach Auswahl des Exportformats die Option „Dateispeicherverknüpfungen einbeziehen“. Ist diese Option aktiviert, ruft RSpace die Dateien aus dem verbundenen Dateispeicher ab und fügt sie zusammen mit Ihren Dokumenten in das ZIP-Archiv ein.

Sie können den gebündelten Export direkt an Repositories wie Dataverse oder Zenodo senden. Eine ausführliche Anleitung finden Sie unter „Verknüpfte externe Dateien in Ihre Exporte bündeln“ .

PDF- und DOC-Exporte enthalten keine Rohdateianhänge. Verwenden Sie das HTML-, XML- oder RO-Crate-Format (.eln), wenn Sie ein vollständiges Archiv mit angehängten Dateien benötigen.

Verschieben von Dateien von RSpace in einen Dateispeicher

Wenn Sie Dateien in die RSpace Gallery hochgeladen haben, die Sie in Ihre iRODS- oder S3-Instanz verschieben möchten:

  1. Wählen Sie eine oder mehrere Dateien in der Galerie aus.
  2. Klicken Sie auf Aktionen → Zu iRODS verschieben oder Zu S3 verschieben
  3. Wählen Sie Ihr iRODS- oder S3-Dateispeicherziel aus, entscheiden Sie, ob eine Kopie in RSpace beibehalten werden soll, geben Sie Ihre Anmeldeinformationen ein und klicken Sie auf „Verschieben“.
Das Verschieben/Kopieren in einen Dateispeicher wird derzeit nur für iRODS und S3 support . Die Unterstützung weiterer Protokolle ist geplant.

Was kommt als Nächstes?

Wir arbeiten aktiv an einer tieferen Integration des Dateispeichers, basierend auf dem Feedback von Institutionen, die RSpace zusammen mit Infrastrukturen wie LRZ Data Science Storage, Yoda und iRODS-Implementierungen in den Niederlanden nutzen.

Zu den zukünftigen Funktionen, die wir derzeit untersuchen, gehören:

  • Direkter Upload in Dateispeicher aus RSpace – Daten aus Ihrem ELN werden direkt in einen S3-Bucket oder eine iRODS-Sammlung übertragen, wobei der Link automatisch in Ihrem Dokument erstellt wird. Dadurch wird RSpace zur aktiven Schnittstelle zwischen Ihrem Laborjournal und dem institutionellen Speicher, anstatt nur ein Leseprogramm zu sein.
  • Metadaten-Orchestrierung – beim Übertragen Ihrer Daten in einen Dateispeicher werden automatisch Begleit-Metadatendateien (z. B. DataCite YAML oder RO-Crate JSON) generiert, sodass Ihre Dateien am Zielort bereits mit strukturierten Metadaten ankommen.

Wir freuen uns über Ihr Feedback. Wenn Sie RSpace mit einem institutionellen Dateispeicher nutzen oder Ihr Workflow aktuell nicht optimal unterstützt wird, wenden Sie sich bitte an Ihren Systemadministrator oder an die RSpace Open-Source-Community . Ihre Anwendungsfälle beeinflussen unsere Roadmap maßgeblich!

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